Owen élete fenekestül felfordul, amikor apja, akit a fiú meggyőződése szerint ártatlanul ítéltek el, meghal a börtönben. Monroe, a fiú iskolájának informatikusa felajánlja neki, hogy egy Animus használatával lehetővé teszi Owen számára, hogy tisztázza apja nevét. Az eszköz segítségével ugyanis feltárhatja a saját DNS-ében rejlő genetikus emlékeket.
Ám Owen nagyobb fába vágta a fejszéjét, mint hitte. A szimuláció alatt ugyanis felfedez egy ősi és nagy hatalmú, rég elveszettnek hitt relikviát az Édenszigonyt.
Két rivális titkos szervezet, az Orgyilkos Testvériség és a Templomos Rend semmitől sem riad vissza, hogy megszerezze ezt az ereklyét. Owen számára hamarosan nyilvánvalóvá válik, hogy csak úgy menekülhet meg, ha ő találja meg először a Szigonyt.
Monroe irányítása alatt Owen és néhány másik fiatal egy olyan szimulációba lépnek be, amely a DNS-eikben lévő közös emlékeken alapul: az 1863-as New York-i felkelés idejébe térnek vissza. Owen és társai súlyos kihívásokkal kerülnek szembe a forrongó város utcáin, ott megélt tapasztalatiknak pedig hosszú távú következményei lesznek a jelenben.